Analisis aktivitas inhibisi kuersetin pada bawang merah (Allium cepa L.) terhadap penetrasi SARS-CoV-2 menggunakan metode molecular docking

  • Syifa Zahara Kultsum Azmi Diponegoro University
    (ID)
  • Sinta Aulia Rahmah Universitas Dipenogoro
  • Melisa Andriani Universitas Dipenogoro
  • Reza Lailul Farobi Universitas Diponegoro
  • Azlya Luke Nur Ahlina Universitas Diponegoro
  • Sunarno Sunarno Universitas Dipenogoro

Abstract

Pada penelitian ini, bawang merah (Alium cepa L.) diekstraksi untuk mengeluarkan senyawa flavonoid yaitu kuersetin yang akan digunakan sebagai inhibitor penetrasi SARS-CoV-2 terhadap dalam reseptor ACE2. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui aktivitas inhibisi yang terjadi antara senyawa flavonoid kuersetin dengan protein S pada SARS-CoV-2 sebagai pencegahan penetrasi SARS-CoV-2 pada ACE2. Dengan melakukan kajian naratif serta penelitian in silico diketahui bahwa senyawa kuersetin memiliki afinitas ikatan yang tinggi dan memiliki interaksi ikatan yang baik dengan protein spike pada SARS-CoV-2. Kemudian dilakukan penelitian in silico untuk mengetahui aktivitas inhibisi kuersetin. Proses Molecular Docking antara kuersetin (CID: 5320844) dan protein spike SARS-CoV-2 (PDB ID:6VSB) dilakukan dengan menggunakan aplikasi PyRx yang terintegrasi dengan Vina Wizard. Grid. Visualisasi hasil docking dilakukan melalui aplikasi Discovery Studio Visualizer. Kuersetin menunjukan hasil energi ikat terendah dan identik sebesar -7.5 kkal/mol Merujuk hal tersebut, kuersetin membentuk ikatan hidrogen dengan asam amino PRO 1057, SER 730, THR 778, GLN 853. Selain itu membentuk ikatan Pi-Alkyl dengan asam amino VAL 860 dan ALA 956. Ikatan Pi-cation juga ditemukan pada asam amino HIS 1058 pada gugus aktif untai Aprotein spike SARS-CoV-2. Hasil nilai RMSD sebesar 1,896 menunjukkan bahwa hasil Molecular Docking yang dilakukan adalah valid. beserta latar belakangnya, tujuan penelitian, temuan dan kesimpulan.

Author Biographies

Syifa Zahara Kultsum Azmi, Diponegoro University
Biology Department, Diponegoro University
Sinta Aulia Rahmah, Universitas Dipenogoro
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
Melisa Andriani, Universitas Dipenogoro
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
Reza Lailul Farobi, Universitas Diponegoro
Prodi Kimia, Fakultas Sains dan Matematika
Azlya Luke Nur Ahlina, Universitas Diponegoro
Prodi Teknik Kimia, Fakultas Teknik
Sunarno Sunarno, Universitas Dipenogoro
Prodi Biologi, Fakultas Sains dan Matematika
Published
2021-11-23
Abstract viewed = 159 times