Semua naskah yang masuk akan melalui proses penelaahan sejawat (peer review) yang ketat oleh setidaknya dua orang penelaah yang ahli di bidang makalah tersebut. Proses telaah dilakukan secara double-blind peer-review. Faktor-faktor yang dipertimbangkan dalam peninjauan adalah relevansi, signifikansi, orisinalitas, keterbacaan, dan bahasa. Keputusan yang mungkin diambil meliputi penerimaan, penerimaan dengan revisi, atau penolakan. Jika penulis dianjurkan untuk merevisi dan mengirimkan kembali naskahnya, tidak ada jaminan bahwa naskah yang telah direvisi akan diterima. Artikel yang ditolak tidak akan ditinjau ulang. Penerimaan naskah dibatasi oleh persyaratan hukum yang berlaku terkait pencemaran nama baik, pelanggaran hak cipta, dan plagiarisme. Tidak ada penelitian yang dapat dimasukkan dalam lebih dari satu publikasi.

1. Penyerahan Makalah
✔ Penulis yang sesuai atau yang mengirimkan makalah mengirimkan makalah ke jurnal melalui OJS. http://journal.uin-alauddin.ac.id/index.php/filogeni/
✔ Penulis harus menyatakan bahwa naskah mereka adalah karya asli mereka.
✔ Penulis harus menyatakan bahwa naskah tersebut belum pernah dipublikasikan di tempat lain.
✔ Penulis harus menyatakan bahwa naskah tidak sedang dipertimbangkan untuk dipublikasikan di tempat lain.
✔ Penulis tidak diperkenankan untuk menarik naskah setelah proses peer review sampai mendapatkan notifikasi status naskah (ditolak untuk dipublikasikan).
✔ Penulis harus berpartisipasi dalam proses peer review.
✔ Penulis wajib memberikan pencabutan atau koreksi atas kesalahan.
✔ Semua Penulis yang disebutkan dalam naskah harus berkontribusi secara signifikan terhadap penelitian.
✔ Penulis harus menyatakan bahwa semua data dalam makalah adalah nyata dan otentik.
✔ Penulis harus memberi tahu Editor jika ada konflik kepentingan.
✔ Penulis harus mengidentifikasi semua sumber yang digunakan dalam pembuatan naskah.
✔ Penulis harus melaporkan setiap kesalahan yang mereka temukan dalam naskah yang diterbitkan kepada Editor.

2. Penilaian Editor
✔ Redaksi memeriksa komposisi dan susunan karya tulis berdasarkan Panduan Penulis Filogeni untuk memastikan bahwa karya tulis telah mencakup bagian-bagian dan gaya bahasa yang diperlukan. Kualitas makalah tidak dinilai pada tahap ini.
✔ Editor memiliki tanggung jawab dan wewenang penuh untuk menolak/menerima artikel.
✔ Editor bertanggung jawab atas isi dan kualitas publikasi secara keseluruhan.
✔ Editor harus selalu mempertimbangkan kebutuhan penulis dan pembaca ketika mencoba untuk meningkatkan publikasi.
✔ Editor harus menjamin kualitas makalah dan integritas catatan akademik.
✔ Editor harus menerbitkan halaman ralat atau melakukan koreksi bila diperlukan.
✔ Editor harus memiliki gambaran yang jelas tentang sumber pendanaan penelitian.
✔ Editor harus mendasarkan keputusan mereka semata-mata pada kepentingan, orisinalitas, kejelasan, dan relevansi naskah dengan ruang lingkup publikasi.
✔ Editor tidak boleh membalikkan keputusan mereka atau membatalkan keputusan editor sebelumnya tanpa alasan yang kuat.
✔ Editor harus menjaga kerahasiaan identitas pengulas.
✔ Editor harus memastikan bahwa semua materi penelitian yang mereka terbitkan sesuai dengan pedoman etika yang diterima secara internasional.
✔ Editor hanya boleh menerima naskah jika sudah cukup yakin.
✔ Editor harus bertindak jika mereka mencurigai adanya pelanggaran, baik yang dipublikasikan maupun tidak, dan melakukan semua upaya yang wajar untuk bertahan dalam memperoleh penyelesaian masalah.
✔ Editor tidak boleh menolak naskah berdasarkan kecurigaan, mereka harus memiliki bukti pelanggaran.
✔ Editor tidak boleh membiarkan adanya konflik kepentingan antara staf, penulis, pengulas, dan anggota dewan.

3. Penilaian oleh Pemimpin Redaksi (EiC)
✔ EiC memeriksa apakah naskah tersebut sesuai dengan Filogeni dan cukup orisinil dan menarik. Jika tidak, makalah tersebut dapat ditolak tanpa ditinjau lebih lanjut.

4. EiC Menugaskan seorang Editor
✔ Filogeni memiliki Tim Editor yang menangani penelaahan naskah. Editor akan ditugaskan pada tahap ini.

5. Undangan kepada Penelaah
✔ Editor yang menangani mengirimkan undangan kepada individu yang dia yakini akan menjadi peninjau yang tepat. Ketika tanggapan diterima, undangan lebih lanjut dikeluarkan, jika perlu, sampai jumlah penerimaan yang diperlukan diperoleh. Semua publikasi tinjauan sejawat akan dirujuk dalam proses tinjauan sejawat buta ganda oleh setidaknya dua peninjau dengan keahlian di bidang subjek yang relevan.

6. Tanggapan terhadap Undangan
✔ Calon peninjau mempertimbangkan undangan tersebut berdasarkan keahlian, konflik kepentingan, dan ketersediaan waktu mereka. Mereka kemudian menerima atau menolak. Jika memungkinkan, ketika menolak, mereka juga dapat menyarankan pengulas alternatif.
✔ Pengulas harus menjaga kerahasiaan semua informasi mengenai naskah dan memperlakukannya sebagai informasi yang istimewa.
✔ Ulasan harus dilakukan secara objektif, tanpa kritik pribadi terhadap penulis.
✔ Peninjau harus mengekspresikan pandangan mereka dengan jelas dengan argumen yang mendukung.
✔ Peninjau harus mengidentifikasi karya yang diterbitkan yang relevan yang belum dikutip oleh penulis.
✔ Peninjau juga harus meminta perhatian Pemimpin Redaksi jika ada kesamaan atau tumpang tindih substansial antara naskah yang sedang dipertimbangkan dengan naskah lain yang telah diterbitkan yang mereka ketahui secara pribadi.
✔ Reviewer tidak boleh meninjau naskah di mana mereka memiliki konflik kepentingan yang diakibatkan oleh hubungan kompetitif, kolaboratif, atau hubungan atau koneksi lain dengan penulis, perusahaan, atau institusi yang terhubung dengan makalah.

7. Peninjauan dilakukan
✔ Peninjau menyisihkan waktu untuk membaca naskah beberapa kali. Pembacaan pertama digunakan untuk membentuk kesan awal terhadap karya tersebut. Jika ditemukan masalah besar pada tahap ini, peninjau mungkin merasa nyaman untuk menolak karya tersebut tanpa pekerjaan lebih lanjut. Jika tidak, mereka akan membaca makalah tersebut beberapa kali lagi, membuat catatan untuk membuat tinjauan poin demi poin yang terperinci. Hasil tinjauan kemudian diserahkan ke jurnal, dengan rekomendasi untuk menerima, revisi yang diperlukan, atau menolaknya. Hasil dari proses peninjauan biasanya tersedia dalam waktu satu bulan setelah diserahkan.

8. Editor mengevaluasi Ulasan
✔ Editor yang menangani mempertimbangkan semua ulasan yang dikembalikan sebelum membuat keputusan secara keseluruhan. Jika ulasan berbeda secara luas, editor dapat mengundang pengulas tambahan untuk mendapatkan pendapat tambahan sebelum membuat keputusan.

9. Keputusan dikomunikasikan
✔ Editor mengirimkan email keputusan kepada penulis termasuk komentar pengulas yang relevan. Penulis harus memperbaiki semua revisi dalam naskah sesuai dengan permintaan peninjau. Peninjau harus mengharapkan untuk menerima versi baru, kecuali jika mereka telah memilih untuk tidak berpartisipasi lebih lanjut.

10. Langkah-langkah terakhir
✔ Jika diterima, naskah akan dikirim ke bagian produksi. Penulis akan mendapatkan pemberitahuan. Jika artikel ditolak, naskah akan menyertakan komentar konstruktif dari para pengulas dan tim editor untuk membantu penulis memperbaiki artikel.